في سفره إلى العراق، ورد سماحة آية الله الحسيني الميلاني (مد ظله العالي) أوّلاً مدينة كربلاء المقدّسة، ثم بعد زيارته للعتبة الحسينية والعتبة العبّاسية عليهما السلام إلتقى بعض العلماء وأصحاب المناصب وبعض النُخَبْ في هذه المدينة.
ثم توجّه سماحته، متابعةً لسفرته، إلى النجف الأشرف.
وضمن برنامج زيارة المرقد المطهّر لأمير المؤمنين عليه السلام، إلتقى سماحته علماء حوزة النجف، وبالخصوص سماحة آية الله العظمى السيّد السيستاني (دام ظله)، وتبادل معهم الحديث في شؤون شتّى.
وكذلك عقد سماحة آية الله الحسيني الميلاني، طيلة مدة إقامته في مدينة النجف المقدسة، دروساً في المدرسة المتخصّصة في إمامة أهل البيت عليهم السلام، بناءً على طلب إدارة هذه المدرسة.
